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TechDiv 掲示板
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1 InterProScanバージョンアップ
kyamaguc
投稿師

山口勝司 2005-12-15 19:16  [返信] [編集]

ドメインモチーフサーチプログラムInterProScanがバージョンアップしました。
InterProScanはタンパク質の配列から複数のドメイン・モチーフデータベースをサーチし、
その結果をhtmlとかxmlとか様々な形式でアウトプットしてくれ、さらにgene ontologyのアノテーションまでつけてくれるという、すばらしいツールです。
最新版はVer4.2で、
PROSITE pattherns
PROSITE profiles
PRINTS
PFAM
PRODOM
SMART
TIGRFAMs
PIR SuperFamily
SUPERFAMILY
GENE3D
PANTHER
coiled-coil
SignalP v3
TMHMM v2
が使用可能です。

Linux、MacOsXを含むUNIXマシンにインストールできます。
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/RELEASE/latest/
からベースプログラムを、
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/BIN/4.x/
からそれぞれの機種に対応したバイナリー(例えばMacOsXはDarwinと書いてある)を、
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/DATA/
からデータベース(最新はVer12.0)をダウンロードして同一フォルダーに解凍します。
使用するためにはperlがインストールされている必要があります。
詳しくは解凍後のInstalling_InterProScan.txtやREADME.txtを読んで下さい。
気が向けば後日、インストールの方法でひっかかりそうなところを書きたいと思います。
WEB版は以下のサイトにあります。
http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/
しかし、機能的にはダウンロード版の方が格段に上です。まあ、100%の機能を使えるようにするのは難しいと思いますが、pfamドメインサーチだけするとかならさほど難しくありません。

是非ダウンロード版をお試し下さい。
2 Re: InterProScanバージョンアップ
kyamaguc
投稿師

山口勝司 2006-9-19 17:34  [返信] [編集]

2006.8.14付けでデータベースが新バージョンの13.0になっています。
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/DATA/
また本体の方も近いうちにVer4.3になるようなことが書かれています。
XMLまわりが改良されるとのこと。大きな変更ではなさげです。
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/DATA/README
3 Re: InterProScanバージョンアップ
kyamaguc
投稿師

山口勝司 2006-10-31 12:51  [返信] [編集]

10/19付けで4.3にバージョンアップされました。
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/index.html

4.4へのバージョンアップ計画も提言されています。
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/ReleaseNotes.txt
4 Re: InterProScanバージョンアップ
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-3-27 17:30  [返信] [編集]

結構「InterProScan」で検索してくる人が多いと思ったら、Googleの
日本語ページで検索した場合、ココがTopで表示されるんだねぇ。
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