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1 fasta2
kyamaguc
投稿師

山口勝司 2006-1-6 13:58  [返信] [編集]

fasta2は類似性検索プログラムfastaやssearchの入ったツールパッケージです。
その他ローカルアライメントとグローバルアライメントのどちらもおこなうことができます。
Unix,linux,macOSXにインストールすることができます。

wget ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/fasta2.shar.Z
でファイルをゲットする。
これをあらかじめ適当な名前を付けたホルダーに入れておく。

>zcat fasta2.shar.Z | sh
#適当な解凍コマンドで解凍する。

Makefileの13行目の
>BIN = /seqprg/slib/bin
を、できたファイルを置いておきたい場所
例えば、
>BIN = /usr/local/bin
に書き換える。

そして、
>make|& tee make.log
#makeして

>su
#管理権限で

>make install|&tee makeinstall.log
#インストール

make errorが出る場合は、
Makefileの7行目
#CC=cc -g
の#を取ってみる。

これで完了。
fasta
tfasta
fastx
tfastx
prdf
lfasta
plfasta
flalign
relate
grease
tgrease
psgrease
bestscor
lalign
plalign
ssearch
prss
align
align0
garnier
fromgb
randseq
crandseq
zs_exp
aacomp
revcomp
以上のコマンドツールが使用可能になります。



2 fasta2
kyamaguc
投稿師

山口勝司 2007-6-20 10:00  [返信] [編集]

現在、上記のように行なっても、
lalign
plalign
align
align0
psgrease
chofas
garnier
しか使えませんね。
バージョンが変わったようです。
plfastaを使いたいのだが、どうすればよいか調査中。
3 fasta2のplfasta
kyamaguc
投稿師

山口勝司 2007-6-20 16:53  [返信] [編集]

別のfasta3パッケージとの関連で、fasta関連のプログラムはfasta3のものを推奨のようで、デフォルトではインストールされないようになっているようです。
バージョンが変わったというわけではないですが、Makefileが変わっているようです。
Makefileを見ると
#programs still used for WWW
WPROGS = lalign plalign align align0 psgrease chofas garnier
# better versions of these programs come from fasta34
FAPROGS = fasta tfasta fastx tfastx prdf prss zs_exp ssearch
PROGS= lfasta plfasta flalign relate grease tgrease psgrease bestscor lalign plalign align align0 garnier fromgb randseq crandseq aacomp revcomp
とあります。
しかしplfastaはfasta3パッケージには含まれていないので、今回はMakefileを以下のように書き変えインストールしました。
all : $(WPROGS)の所を、
all : $(PROGS)にし、
install : cp $(WPROGS) $(BIN)の所を、
install : cp $(PROGS) $(BIN)にする。
その後、make,make installでインストール出来ました。

自分のケースではfromgbのコンパイルの所で引数エラーが出てしまいます。このプログラムは使わないので、とりあえず考えずに消すことでクリアしました。


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