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TechDiv 掲示板
TechDiv 掲示板は、日常の業務で困った点を相談したり、こんな工夫をしてみた等の情報を交換し合う場です。また業務以外にも交流の為の場も、設けてあります。是非ご活用下さい。登録ユーザなら誰でも参加できます。(ゲストの方は閲覧のみです)
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1 EMBOSS
hiroyo
モデレータ

名無しさん 2006-1-24 15:37  SITE  [返信] [編集]

EMBOSS インストールしました。
所内からはどなたでも使えます。
http://alt.nibb.ac.jp:8099/cgi-bin/emboss
2 Re: EMBOSS
hiroyo
モデレータ

名無しさん 2006-1-24 15:39  [返信] [編集]

本家サイト
http://emboss.sourceforge.net/index.html

日本のユーザグループ
http://jambo.sourceforge.jp

日本語チュートリアル
http://jambo.sourceforge.jp/index.php?Tutorial
3 Re: EMBOSS
takeshim
モデレータ

takeshim 2006-1-24 17:54  [返信] [編集]

インストール乙です。
kyamagucさんのブログにあったやつですね。ここはゲストにもオープンですが、そのブログは技術課のみopenなので、外部の方には訳わからないかな。
配列解析の統合的なパッケージEMBOSSを、Webベースの環境でも使えるようにしたのが、EMBOSS explorerってことであってるんでしょうか。
で、今回は基生研内では、WebからEMBOSSが使える様になりましたって事ですね。

しかし、日本のユーザグループのページが結構充実してますねぇ。PukiWikiでやってるんだ。
4 Re: EMBOSS
hiroyo
モデレータ

名無しさん 2006-1-25 16:54  [返信] [編集]

合ってます。

はるか昔、 訳の一部にツッコミを入れたような。
もうどこだったかすら覚えてません
5 EMBOSS explore インストールの覚え書き
kyamaguc
投稿師

kyamaguc 2006-1-31 11:19  [返信] [編集]

とりあえず自分のケースにおけるEMBOSS explore インストールの覚え書きです。
OSはREDHAT ENTERPRISE LINUX WS ver4

1.EMBOSSをインストールする。
http://emboss.sourceforge.net/download/
からEMBOSS-3.0.0.tar.gz
をとってくる。
解凍後、そのフォルダー内で
./configure
make
make install

2.EMBOSS exploreをインストールする。
http://prdownloads.sourceforge.net/embossgui/
emboss-explorer-2.0.1.tar.gz?download

からとってくる。
解凍後、そのフォルダー内で
perl Makefile.PL
make
make install
./install
で、コマンド方式でインストールを進めるが、すべてデフォルトで問題なし。

3.これで http://localhost/cgi-bin/emboss
からアクセス可能となった(もちろんApacheを起動させておかなくてはいけません)。

その他、EMBOSS exploreのインストール過程で、
Parse-RecDescentがないと出たので、CPANからとってきて、
http://search.cpan.org/~dconway/Parse-RecDescent-1.94/
lib/Parse/RecDescent.pod

解凍後、そのフォルダー内で、
./configure
make
make install

また、X11関連のパッケージやpng等グラフィック関連のlibパッケージで必要なものがある。
ここらへんはLinuxのパッケージがフルインストールなら問題ないだろう。




6 Re: EMBOSS explore インストールの覚え書き
kyamaguc
投稿師

山口勝司 2006-10-31 12:47  [返信] [編集]

7/18付けでEMBOSSのバージョンが4.0.0になっています。
ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/
上記にある前バージョンと同様な方法で、インストール可能であることを確認しました。

7 Re: EMBOSS
hiroyo
モデレータ

名無しさん 2007-8-15 14:17  [返信] [編集]

2007/07/15 EMBOSS 5.0 リリース
http://emboss.sourceforge.net/index.html
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