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1 RepeatMasker
kyamaguc
投稿師

山口勝司 2006-3-24 17:24  [返信] [編集]

RepeatMaskerはゲノムの反復配列などを検出するツールです。
SINE、LINEやトランスポゾン配列、反復配列などを区別して検出することができる、なかなかなツールです。
原理はRepeatmasker用のライブラリーに存在する、各生物種別の反復配列データベースに対して、類似性検索するのを基本とするようです。

類似性検索ツールとして、
CrossMatch(Phrap packageの1つ)
http://www.phrap.org/
WU-BLAST
http://blast.wustl.edu/
DeCypher
http://www.timelogic.com/decypher_intro.html
のどれかを選択して使用することができます。
UNIX系のOs(Linux、MacOSX)にインストール可能です。

自分の例におけるインストール法の覚え書きを掲載いたします。

1.Institute for systems biologyから
http://www.repeatmasker.org/
RepeatMaskerを取ってくる。
http://www.repeatmasker.org/RMDownload.html
http://www.repeatmasker.org/RepeatMasker-open-3-1-5.tar.gz
(2006.3.24現在の最新版)

2.Giriのサイトから
http://www.girinst.org/server/RepBase/index.php
Repeatmasker用のライブラリーを取ってくる。
http://www.girinst.org/server/RepBase/repeatmaskerlibraries/
repeatmaskerlibraries-20060314.tar.gz

レジストレーションが必要(アカデミックフリー)

3.同一のフォルダー下に解凍する。

4.類似性検索ツールをインストールしておく。
ここではWU-BLASTを使用。レジストレーション(アカデミックフリー)が必要。
http://blast.wustl.edu/licensing/academic.html
メールで指示された場所から自分のOSのblast2ファイルを取ってくる。

5.適当なフォルダー下に解凍する。

6.RepeatMaskerのPerlスクリプトのあるフォルダーにて
perl ./configure
いくつかの質問があるがほとんどデフォルトで良いが、類似性検索ツールの指定と場所を設定する。

これで使用できる。
>perl RepeatMasker fasta_format_file
たくさんのオプションがあり、その設計により結果が異なる。
例えば -species で種を設定
詳しくは
http://www.repeatmasker.org/
を参考にする。

WEBインターフェース版はこちらから使用可能です(ただし遅いようだ)。
http://www.repeatmasker.org/cgi-bin/WEBRepeatMasker
2 Re: RepeatMasker
takeshim
モデレータ

takeshim 2006-3-24 17:32  [返信] [編集]

有用な情報ありがとうございます。
ウーン、URLが長いと折り返さないので、レイアウトが崩れちゃいますね。
3 Re: RepeatMasker
kyamaguc
投稿師

山口勝司 2007-4-11 11:26  [返信] [編集]

4月4日付けでRepBase自体はver.12.03になっているようです。
repeatmaskerライブラリーフォーマット版はまだ対応してないようですが、まもなく出るのではないでしょうか。
http://www.girinst.org/server/RepBase/

RepeatMaskerも3.1.6にバージョンアップしていました(06.10.6)。
http://www.repeatmasker.org/RMDownload.html
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