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TechDiv 掲示板
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1 BUGJA
kyamaguc
投稿師

山口勝司 2006-4-12 19:20  [返信] [編集]

BioPerlはPerlスクリプトの知識が不十分でもそれなりに使えて、バイオインフォマティックスツールによる網羅的解析結果を整理するのに、とてもありがたいツールなのですが、なにぶんBioPerl自体のインストールがなかなか難しいのと、実際どうやって使うのか、何ができるのかという情報が系列化されていない点が問題です。以下に紹介するBUGJAはそう言った問題点を少しでも解決できるサイトになるのではと期待しております。

BUGJAのサイト
http://bugja.sourceforge.jp/
以下トップページの紹介文を引用です。

BUGJA(ばぐじゃー:Bioperl Users Group in Japan)は、Perl のバイオ系のモジュール群である bioperl (http://www.bioperl.org/ ) の日本でのユーザーグループです。日本語のドキュメントを整備したり、日本語で議論のできる場をつくっていきます。
2 Bioperlで FASTAファイルとquality value ファイルを扱う
hiroyo
モデレータ

名無しさん 2006-6-16 13:42  [返信] [編集]

#!/usr/local/bin/perl -s

# Usage: %this_script.pl fasta_format_seq_file

use Bio::Seq;
use Bio::Seq::SeqWithQuality;
use Bio::SeqIO;

$infasta = $ARGV[0];
$inqual = "$infasta.qual";

#FASTAファイルと.qualファイル読み込み
my $in_qual = Bio::SeqIO->new(-file=>$inqual, -format=>'qual');
my $in_fasta = Bio::SeqIO->new(-file=>$inseq, -format=>'Fasta');

#シーケンスを1つづつ取り出し
while($each_fasta = $in_fasta->next_seq()) {
 $each_id = $each_fasta->id;
 $each_qual = $in_qual->next_seq(); #シーケンスの名前
  #各シーケンスのオブジェクトを作成
 $fastaobj = Bio::PrimarySeq->new(-seq=>$each_fasta->seq(), -id=>$each_id);
 $qualobj = Bio::Seq::PrimaryQual->new(-qual=>$each_qual->qual(), -id=>$each_id);
  #各オブジェクトから、QVと塩基が対になったオブジェクトを作成
 $metaseq = Bio::Seq::SeqWithQuality->new(-seq=>$fastaobj, -qual=>$qualobj);

 # ここでシーケンスに対して何かする・・・

}

3 Re: Bioperlで FASTAファイルとquality value ファイルを扱う
hiroyo
モデレータ

名無しさん 2006-6-16 13:49  [返信] [編集]

上記のFASTAファイルとquality value (qv) ファイルは、
各シーケンスの情報が「同じ順番」で「同じ数」だけ載っているものとします。
qvファイル名は、FASTAファイル名の後ろに .qual を付けたものにします。
2つのファイルは同じ場所に置きます。

SeqIOオブジェクトを作れば、PrimarySeqオブジェクトと同等のものができる
みたいなことをSeq::PrimarySeqのdocには書いてありましたが、
SeqIOだけでは、Seq::SeqWithQualityは動いてくれませんでした
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