ようこそゲストさん
サイトマップ  |   ログイン パスワード   |   新規登録はこちら  
メインメニュー
サイト内検索

NIBB Open Campus

TechDiv 掲示板
TechDiv 掲示板は、日常の業務で困った点を相談したり、こんな工夫をしてみた等の情報を交換し合う場です。また業務以外にも交流の為の場も、設けてあります。是非ご活用下さい。登録ユーザなら誰でも参加できます。(ゲストの方は閲覧のみです)
[TechDiv 掲示板TOP]
[掲示板に戻る全部  1-  最新50
1 Tandem Repeats Finder
kyamaguc
投稿師

山口勝司 2007-7-30 14:37  [返信] [編集]

Tandem Repeats Finderは塩基配列上にある繰り返し配列を検出してくれるツールです。
http://tandem.bu.edu/trf/trf.html
RepeatMaskerがデータベースにある、既存の反復配列との類似性から検出・分類することをメインにしているのに対し、こちらは配列を直接マッチさせることで反復配列を検出しています。
繰り返し配列の長さ・反復数・類似性・塩基出現頻度などが表示されます。ウィンドウズ・MacOSX・Linux等様々なプラットホームに対応しています。コマンドライン・GUIどちらにも対応しますが、得られる結果はいずれもhtml形式になるので、そこから目的の情報を取り出すにはperlなどのスクリプトを書く必要があります。解析は非常に高速で、使う上での難しい点はなさそうです。

アルゴリズムは以下の論文に記述されています。
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acids Research (1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.
[掲示板に戻る全部 次100 最新50
BluesBB ©Sting_Band
ゲストの方へ
 TechDivWebは、基礎生物学研究所技術課の紹介だけでなく、生物学をメインに広く技術に興味をお持ちの方を対象とした交流、情報交換を目的とするポータルサイトでもあります。
 ゲストでは書き込みできず、ご覧になれないコンテンツもあります。是非ユーザ登録し、我々のコミュニティにご参加ください。登録は上の「新規登録はこちら」をクリックしてください。
 登録の方法は、ユーザ登録マニュアルをご覧下さい。


本ホームページ内の文章・画像については、RSS以外の無断転載を禁じます。
当サイトへリンクをされる方は、なるべくお問い合わせからご連絡下さるようお願いします(クロスリンク等の対応を致します)。
Powered by XOOPS 2.0 (c) 2001-2006 The XOOPS Project
最近の投稿
トピックメニュー
Copyright (C) Technical Division of NIBB. All rights reserved.
Nishigonaka 38, Myodaiji, Okazaki 444-8585 Aichi, Japan