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TechDiv 掲示板
TechDiv 掲示板は、日常の業務で困った点を相談したり、こんな工夫をしてみた等の情報を交換し合う場です。また業務以外にも交流の為の場も、設けてあります。是非ご活用下さい。登録ユーザなら誰でも参加できます。(ゲストの方は閲覧のみです)
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コンピュータと生物学

統計、画像処理、画像解析、データ処理・解析等々。バイオインフォマティクス以外の電算系はこちらへどーぞ。

1: 生物学関連ツール(10)   2: ファイルメーカー活用スレッド(9)   3: Personal Information Manager(4)   4: 周辺機器Tips(2)   5: プログラミングTips(17)   6: Ajax(2)   7: Office一般 (Excel, Word, PowerPoint etc...)(3)  

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(1) 2 »

1 生物学関連ツール
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-10-31 14:20:21  [返信] [編集]

生物学に関係するツールを紹介するスレッドです。
ちょっと良いツールがあったら、是非ご紹介下さい。
2 4Peaks -生物学関連ツール
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-10-31 14:26:05  [返信] [編集]

4Peaks
ABIのDNAシーケンサ3100系のデータをMacOS Xで表示できます。シーケンサのWindowsマシンから直接ファイルを持ってくるだけで、フォーマットの変換は必要ありません。プラグインで昨日の拡張もできます。
ダウンロードはこちら。
http://mekentosj.com/4peaks/
3 iPapers -生物学関連ツール
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-11-6 9:52:36  SITE  [返信] [編集]

MacOS X用のPubMedに登録されている文献管理用データベースソフト。PDFファイルをDrag & Dropで登録できるお手軽さが売りです。
アップルのサイトに登録されてますが、
http://www.apple.com/jp/medical/software/018.html
このページからのリンクは切れてますので御注意。
上の[SITE]から行って下さい。


追記
Ver. 2.0で開発が止まっていますが、若干不安定との評判が…。
と、思ったら長い沈黙を破って 2.1α2が出ていますね。
http://sourceforge.net/projects/ipapers/files/

なお安定性は2より良いと言われている iPapers 1 は、ここからダウンロードできます。
http://homepage.mac.com/toshihiro_aoyama/iPapers/download.html
4 EnzymeX -生物学関連ツール
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-12-6 11:28:23  SITE  [返信] [編集]

制限酵素消化する際の支援ソフトです。予め市販の制限酵素の情報が入力されてます。詳細、ダウンロードは、上の[SITE]から。
5 Biobar-生物学関連ツール
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-12-6 12:17:37  SITE  [返信] [編集]

FirefoxにEBI,NCBI,DDBJなどの検索ツールバーを追加します。
なかなか便利ですよ。
インストールは以下から、
http://biobar.mozdev.org/installation.html

biobar 1.5.3 for Firefox (1.0-2.0.*) and Flock
をクリックして下さい。

デフォルト等の変更は、ツール/アドオン/Biobarから設定ボタンをクリックすると設定パネルがでます。

ちなみにここのヤツ
https://addons.mozilla.org/ja/firefox/addon/169
をインストールすると、FireFox Version 2.0.0.11では、Firefoxが起動できなくなりました。上の2.0コンパチバージョンをご利用下さい。
6 Books for MacOS X -生物学関連ツール
takeshim
モデレータ

takeshim 2008-12-10 15:54:02  SITE  [返信] [編集]

生物学専用ツールというわけではないですが、便利なので紹介。
MacOS X用の書籍情報管理ツールです。ISBNの番号を打ち込むだけで、Amazon等から書籍情報を引っ張ってきてくれます。
さらにiSightのあるMacなら、カメラでバーコードを読みとって情報を取ってくることができます。
7 BibDesk -生物学関連ツール
takeshim
モデレータ

takeshim 2008-12-10 16:01:06  SITE  [返信] [編集]

MacOS X 用の文献管理ソフトです。PDFを自動で落としてきてくれないのがちょっと難点ですが、安定性はなかなかとの評判です。
8 CLCSequenceViewer -生物学関連ツール
takeshim
モデレータ

takeshim 2009-4-15 14:18:43  SITE  [返信] [編集]

とっくに紹介したと思っていたんですが…

CLC Bioによるフリーで使える配列解析ソフト。
同社のソフト群の機能お試し簡易版といった感じですが、

・制限酵素切断部位解析
• アラインメントの作成と編集
• 系統分類
• GenBank 検索
• DNA から タンパク質への翻訳

など、一通りの機能は持っているので、とりあえず突っ込んでおいて損はないかと。
Win、Mac、Linuxなどマルチプラットフォーム対応も魅力。
9 eBioX (+eBioTools) -生物学関連ツール
takeshim
モデレータ

takeshim 2009-4-15 14:27:29  SITE  [返信] [編集]

EMBOSSのツール群をMacOS X用にまとめたのがeBioTools、それにフロントエンドのためのGUIを提供するのがeBioXです。

…早い話が、EMBOSSのバイオインフォマティクスツールをMacで使いやすいようにしたもんです。
両方ぶち込んでやりましょう。

あ、X11 window systemが必要なので、あらかじめMacOS Xのディスクから突っ込んでおいてください。
MacOS X 10.4以降対応です。
10 Marvin Sketch -生物学関連ツール
takeshim
モデレータ

名無しさん 2011-1-21 16:06:23  SITE  [返信] [編集]

化学構造式のお絵かきソフトです。
コピペは…できないのかな。
これで書いたのを他のソフトに貼り付けるには、イメージでセーブしてって感じでしょうか。

JAVAが使える環境が必要です。
3次元分子モデル表示ツール MarvinSpace
構造式表示ツール Marvin View
も一緒にインストールされます。
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1 ファイルメーカー活用スレッド
takeshim
モデレータ

takeshim 2005-12-12 12:06:10  [返信] [編集]

MacでもWinでも使える手軽なデータベースとして、ファイルメーカーを使っている方は多いと思います。でも、その気にになればWebでのデータベース公開などにも使える、憎いヤツです。そんなファイルメーカーの小技から、大技までなんでも語っちゃいましょう。
2 Ver.8.5 アナウンス
tomoki
新人

名無しさん 2006-8-1 17:32:08  [返信] [編集]

Ver.8.5 が、そろそろでるそうです。早すぎますね。
注目に値する新機能は、"Webビューア"と呼ばれるものす。
以下、FileMaker 社発表記事より抜粋。
------
FileMaker Webビューア ― この新しいレイアウトオブジェクトにより、ユーザは、データベースと重要な最新のWebデータを簡単に連携させることができます。Webページへのリンクは、Webアドレスを入力するか、Webアドレスを含むフィールドを指定するだけで簡単に設定できます。また、FileMaker Pro 8.5 には、すぐに利用できるようにWikipediaなどの多くの人気Webサイトのリンクが組み込まれており、ユーザはご自分のFileMaker Pro 8.5のレコードの中にWebサイトを追加することができます。
------
今やっているデータベースの画像データ取り込みにうってつけの機能であることを、期待しています。

3 Re: Ver.8.5 アナウンス
tomoki
新人

tomoki 2006-8-1 17:53:52  [返信] [編集]

そうそう、もうひとつ大きな変更がありました。
Universal 化されているようです。
FileMaker クライアントはこれまで Rosetta での動作は保証されていたのですが、FileMaker Server は動作不可とこっそりと記載されていました。
実際にIntel Mac に FileMaker Server Advanced をインストールしたのですが、Webコネクタの部分が全く対応しておらず断念しました。
FileMaker 製品群全般に渡って Universal 化されている様子なので、非常に興味がありますね。
4 FileMaker API for PHP
tomoki
新人

tomoki 2006-8-1 18:00:06  SITE  [返信] [編集]

ついでにもうひとつ。
FileMaker 社から FileMaker API for PHP の β版アナウンスがありました。

FileMaker API for PHP Public Beta のページ

これは PHP を介して FileMaker への書き込みなどができる PHPモジュール群で、いずれ正式版が FileMaker 社からアナウンスされると思います。これまで、PHP から FileMaker をコントロールするには、FX.php を使用していたのですが、今後は正式版とあってこちらに移行するかどうか考えどころです。とりあえず、β版を取り寄せて仕様を確認しているところです。

5 Re: Ver.8.5 アナウンス
takeshim
モデレータ

takeshim 2006-8-1 18:34:08  [返信] [編集]

Webビューアは、かなり面白そうな機能ですね。使い方次第で色々な可能性が見えてきそうです。FMPからWebサイトにリクエストを出して、帰ってきた結果をまたFMPで処理させて・・・とか。
PHPとの連携強化も、いいニュースですね。

こんへんのユーザのツボをついた機能強化が、データベースソフト専業でも生きながらえてる要因なんでしょうねぇ。
6 Re: FileMaker API for PHP
hiroyo
モデレータ

名無しさん 2007-6-20 15:23:58  [返信] [編集]

サーバ側がバージョン8以上でないとだめでした T T
キーワードは、拡張アクセス権の「fmphp」
miwaさんありがとうございます。
そしてこの書き込みより10ヶ月経った今もβ版でした。
7 ファイルメーカーが弁当を販売予定
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-12-6 10:49:41  SITE  [返信] [編集]

これを見た瞬間、”おにぎり”とかいう訳のわからない愛称をつけられちゃた、漢字Talk 7.1を思い出します。まあ、何となく意味が伝わる分だけ、”おにぎり”よりはマシですが。
FMPは、間口は広く奥行きは深く、で大変重宝しておりますが、個人レベルでデータベースを・・・というとまだ敷居が高いのかもしれません。
Mac OS X のアドレスブックやiCalとの直接リンクというのは嬉しい機能ですね。iPod Touchで出先で入力した情報を、MacのアドレスブックやiCalを経由してBentoで活用というわけです。

でも、Mac OS X 10.5 Leopard 専用だなんて・・・

詳細は、上のSITEからどうぞ。無料プレビュー版のDLもできます。
8 Re: ファイルメーカーが弁当を販売予定
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-12-6 19:30:49  [返信] [編集]

すっかり忘れてたけど、OpenDocのコードネームがBentoだった。斬新だったけど、使い物になる前に消えてしまいました。
9 マイコミにてFMP+PHPでWebアプリをつくる連載 -ファイルメーカー活用スレッド
takeshim
モデレータ

takeshim 2009-10-21 16:23:34  [返信] [編集]

FileMaker×PHPで作る、簡単・便利なWebアプリ
http://journal.mycom.co.jp/column/fmxphp/index.html

もう32回も進んでますね。
気合いの入ってるときに読んでみます…。
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1 Personal Information Manager
takeshim
モデレータ

takeshim 2008-1-24 11:38:21  [返信] [編集]

PIM (Personal Information Manager) とは、スケジュール管理(予定表、カレンダー)、アドレス帳(住所録、連絡先)、ToDo(仕事リスト)、メモ帳(ノート)等の個人情報を管理するソフトです。システム手帳の電子版といったところでしょうか。MacならiCal、アドレスブック、あるいは統合環境としてEntourageもこれに該当します。
これらに関する話題のスレッドです。
2 iCal、アドレスブック<-> Entourageの同期 - PIMスレ
takeshim
モデレータ

takeshim 2008-1-24 11:51:16  [返信] [編集]

まずは基本から。

MacOS X 付属のiCal、アドレスブックとMicrosoft Entourageの同期は、
Entourage/環境設定/シンクサービスで
 □連絡先をアドレスブックおよび.Macと同期する
 □イベントをiCalおよび.Macと同期する
をチェックすることで可能となります。

最初の同期ではiCal->イベント(Entourage)はデータが同期しません。逆にイベント(Entourage)->iCalのデータは、iCalでEntourageというカレンダーに置かれます。
以後iCal->イベント(Entourage)方向は、Entourageカレンダーに入力したデータのみEntourageと同期されます。
3 .Mac<-> Entourageの同期 - PIMスレ
takeshim
モデレータ

takeshim 2008-1-24 12:08:13  [返信] [編集]

Appleの.Macを有料登録していれば、.Macを経由して複数のMac間で、アドレスブックとiCalの内容を同期させることができます

また、>>2 のEntourage/環境設定/シンクサービスで
引用:

 □連絡先をアドレスブックおよび.Macと同期する
 □イベントをiCalおよび.Macと同期する

とあるように、iCal、アドレスブック経由でEntourageのデータを
.Macと同期させる事ができます。

つまり
職場のMac[Entourage <-> iCal,アドレスブック] <-> .Mac <-> 自宅のMac[iCal,アドレスブック <-> Entourage] <--> iPod Touch
ということも可能になります。
4 Outlook(win) <-> Entourage(Mac) の同期 - PIMスレ
takeshim
モデレータ

takeshim 2008-1-24 12:48:06  [返信] [編集]

>>3 の通り、Mac<->Macの同期は、(お金さえ払えば)割と容易です。では、WindowsのOutlookとMacのEntourageではどうでしょうか?
職場にExchange サーバがあればそれを使うのも良いでしょう。しかし個人レベルでは、かなり高額の出費となります。

他のWin<->Macの同期を行う方法としては、いくつかオンラインのサービスがありますが、その一つにPlaxoを使う方法があります。元々はオープンアドレス帳のサービスでしたが、最近はオンラインPIMサービスとなってきています。
同期に関する基本機能は無料で利用でき、Outlook(win) <-> Entourage(Mac) の同期(>>3のシンクサービスをチェックすること)が可能となります。
しかし外部と個人情報をやり取りする訳ですから、ご利用は慎重に。
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1 周辺機器Tips
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-12-10 21:36:36  [返信] [編集]

周辺機器のちょっといい話、覚えておくといい話を書き込んでいきましょう。
2 Apple Wireless Mighty Mouse -周辺機器Tips
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-12-10 21:45:00  MAIL  [返信] [編集]

いかにもAppleな感じのBluetooth Wireless マウスのWireless Mighty Mouse ですが、コイツをWindowsで使ってやろうとすると、PINコードを入れてくれって要求してきます、生意気にも。
で、このコードが分からないと永久にWindowsで Wireless Mighty Mouseを使う事はできません。
で、PINコードを知りたいのだけどどうしたものでしょう?Appleに聞くの?

いやいやいや。きっとつまらない答えが返ってくるから止めた方がいいですよ。



答えは上に
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1 プログラミングTips
hiroyo
モデレータ

名無しさん 2005-12-9 15:58:28  [返信] [編集]

コーディングに関するTips をメモっていくスレッド。質問も大歓迎です。
8 CGI.pm (perl module)
hiroyo
モデレータ

名無しさん 2006-4-27 17:30:43  [返信] [編集]

CGI.pmのVer.2.57以降、use_named_parameters() メソッドは無くなった。
1999年以前のソースを扱う場合は注意。
このメソッドを使わなくても、いきなり param() でよい。
9 エディタ侮るなかれ
hiroyo
モデレータ

名無しさん 2006-9-8 16:06:32  [返信] [編集]

久々に「俺様メモ」書き込み。

OSXのmiでXMLファイルをいじっていたのですが、
どうしてもSafari上で「Extra content at the end of the document」と出てしまう。
テスト用の短いファイルはちゃんと表示できるのになんでじゃ! と思ったら
なんとmiのHTMLモードで編集したXMLファイルはエラー・・・・

 コエー

標準モードにして保存し直すと、エラー止まる。
同じことで躓いてる人にエラーメッセージの検索でここに辿り着いて欲しいわ。
10 Javascript
hiroyo
モデレータ

名無しさん 2006-10-5 17:27:10  [返信] [編集]

Object (result of express a) does not allow calls.
オブジェクト「a」はコールできないよ

と出たら、functionの順番をチェック。
11 PHPの正規表現に日本語を使う
hiroyo
モデレータ

名無しさん 2007-3-15 17:06:37  [返信] [編集]

比べるのは必ず「EUC vs. EUC」
mysql から引いたテキストがEUC でコードがJISで書いてある場合、
jcode.php を使うと便利。

require 'jcode.php';
$category = $mysql_data[n]['mm']
$seminar = JcodeConvert('セミナー',2,1);
$ereg_result = ereg($seminar, $category);
12 Re: PHPの正規表現に日本語を使う
hiroyo
モデレータ

名無しさん 2007-3-15 17:09:07  [返信] [編集]

コンパイル時に --enable-mbregex を付けてないと全てが水の泡。
13 Re: PHPの正規表現に日本語を使う
hiroyo
モデレータ

名無しさん 2007-3-16 15:42:37  [返信] [編集]

せっかくJcodeConvertしても、
$TITLE = mb_strcut($title[$m],0,10);

とかすると、$TITLEは内部エンコーディングで書き出されて、
一般UNIX上ではEUCに!
ファイルがJISなら
$TITLE = mb_strcut($title[$m],0,10,sjis);
と書くべき。

これが開発環境がPCサーバとかだと、
最後のエンコード指定しなくても問題起きないんだよねぇ
14 MODx で SMTPメール送信(PHPのmail関数を使わずにメールする)
hiroyo
モデレータ

名無しさん 2007-5-30 17:25:03  [返信] [編集]

MODxのPassword変更通知を、class.phpmailer.php を使ってメールする。

manager/processors/save_user.processer.php の460-463行目の
if文をコメントアウトか削除

そこに以下の文を挿入
 include_once "controls/class.phpmailer.php";
 $mail = new PHPMailer();
 $mail -> IsSMTP();
 $mail -> AddAddress($email);
 $mail -> From = $emailsender;
 $mail -> Subject = $emailsubject;
 $mail -> Body = $messages;
 $mail -> Subject = $emailsubject;
 $mail -> Username = "SENDERID"; //直接class.phpmailer.phpに書いても。
 $mail -> Password = "SENDERPW"; //適宜書き換えましょう。
 if (!$mail -> send()) {
   webAlert("Error while sending mail to $email");
   exit;
 }

MODxに限った話ではなく、PHPのmail関数が使えない環境の場合、
class.phpmailer.php は超強力な味方です!

15 Re: MODx で SMTPメール送信(PHPのmail関数を使わずにメールする)
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-5-30 17:37:14  [返信] [編集]

 $mail -> Username = "SENDERID";
 $mail -> Password = "SENDERPW";

これらは、直接class.phpmailer.phpに書いてあるなら省略してもいいんでしょうか?
16 Re: MODx で SMTPメール送信(PHPのmail関数を使わずにメールする)
hiroyo
モデレータ

名無しさん 2007-5-31 8:29:34  [返信] [編集]

イェース!
class.phpmailer.php に直書きで書いてあれば省略可。
ここに書くと、上書き可!
$mail -> IsSMTP();
で「SMTP送信にする」という設定を上書きしてるので
これも省略できます。
17 Re: MODx で SMTPメール送信(PHPのmail関数を使わずにメールする)
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-5-31 16:18:45  [返信] [編集]

了解です。ありがとうございました。
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