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コンピュータと生物学

統計、画像処理、画像解析、データ処理・解析等々。バイオインフォマティクス以外の電算系はこちらへどーぞ。

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Marvin Sketch -生物学関連ツール
takeshim
モデレータ

名無しさん 2011-1-21 16:06:23  SITE  [返信] [編集]

化学構造式のお絵かきソフトです。
コピペは…できないのかな。
これで書いたのを他のソフトに貼り付けるには、イメージでセーブしてって感じでしょうか。

JAVAが使える環境が必要です。
3次元分子モデル表示ツール MarvinSpace
構造式表示ツール Marvin View
も一緒にインストールされます。
マイコミにてFMP+PHPでWebアプリをつくる連載 -ファイルメーカー活用スレッド
takeshim
モデレータ

takeshim 2009-10-21 16:23:34  [返信] [編集]

FileMaker×PHPで作る、簡単・便利なWebアプリ
http://journal.mycom.co.jp/column/fmxphp/index.html

もう32回も進んでますね。
気合いの入ってるときに読んでみます…。
eBioX (+eBioTools) -生物学関連ツール
takeshim
モデレータ

takeshim 2009-4-15 14:27:29  SITE  [返信] [編集]

EMBOSSのツール群をMacOS X用にまとめたのがeBioTools、それにフロントエンドのためのGUIを提供するのがeBioXです。

…早い話が、EMBOSSのバイオインフォマティクスツールをMacで使いやすいようにしたもんです。
両方ぶち込んでやりましょう。

あ、X11 window systemが必要なので、あらかじめMacOS Xのディスクから突っ込んでおいてください。
MacOS X 10.4以降対応です。
CLCSequenceViewer -生物学関連ツール
takeshim
モデレータ

takeshim 2009-4-15 14:18:43  SITE  [返信] [編集]

とっくに紹介したと思っていたんですが…

CLC Bioによるフリーで使える配列解析ソフト。
同社のソフト群の機能お試し簡易版といった感じですが、

・制限酵素切断部位解析
• アラインメントの作成と編集
• 系統分類
• GenBank 検索
• DNA から タンパク質への翻訳

など、一通りの機能は持っているので、とりあえず突っ込んでおいて損はないかと。
Win、Mac、Linuxなどマルチプラットフォーム対応も魅力。
BibDesk -生物学関連ツール
takeshim
モデレータ

takeshim 2008-12-10 16:01:06  SITE  [返信] [編集]

MacOS X 用の文献管理ソフトです。PDFを自動で落としてきてくれないのがちょっと難点ですが、安定性はなかなかとの評判です。
Books for MacOS X -生物学関連ツール
takeshim
モデレータ

takeshim 2008-12-10 15:54:02  SITE  [返信] [編集]

生物学専用ツールというわけではないですが、便利なので紹介。
MacOS X用の書籍情報管理ツールです。ISBNの番号を打ち込むだけで、Amazon等から書籍情報を引っ張ってきてくれます。
さらにiSightのあるMacなら、カメラでバーコードを読みとって情報を取ってくることができます。
Outlook(win) <-> Entourage(Mac) の同期 - PIMスレ
takeshim
モデレータ

takeshim 2008-1-24 12:48:06  [返信] [編集]

>>3 の通り、Mac<->Macの同期は、(お金さえ払えば)割と容易です。では、WindowsのOutlookとMacのEntourageではどうでしょうか?
職場にExchange サーバがあればそれを使うのも良いでしょう。しかし個人レベルでは、かなり高額の出費となります。

他のWin<->Macの同期を行う方法としては、いくつかオンラインのサービスがありますが、その一つにPlaxoを使う方法があります。元々はオープンアドレス帳のサービスでしたが、最近はオンラインPIMサービスとなってきています。
同期に関する基本機能は無料で利用でき、Outlook(win) <-> Entourage(Mac) の同期(>>3のシンクサービスをチェックすること)が可能となります。
しかし外部と個人情報をやり取りする訳ですから、ご利用は慎重に。
.Mac<-> Entourageの同期 - PIMスレ
takeshim
モデレータ

takeshim 2008-1-24 12:08:13  [返信] [編集]

Appleの.Macを有料登録していれば、.Macを経由して複数のMac間で、アドレスブックとiCalの内容を同期させることができます

また、>>2 のEntourage/環境設定/シンクサービスで
引用:

 □連絡先をアドレスブックおよび.Macと同期する
 □イベントをiCalおよび.Macと同期する

とあるように、iCal、アドレスブック経由でEntourageのデータを
.Macと同期させる事ができます。

つまり
職場のMac[Entourage <-> iCal,アドレスブック] <-> .Mac <-> 自宅のMac[iCal,アドレスブック <-> Entourage] <--> iPod Touch
ということも可能になります。
iCal、アドレスブック<-> Entourageの同期 - PIMスレ
takeshim
モデレータ

takeshim 2008-1-24 11:51:16  [返信] [編集]

まずは基本から。

MacOS X 付属のiCal、アドレスブックとMicrosoft Entourageの同期は、
Entourage/環境設定/シンクサービスで
 □連絡先をアドレスブックおよび.Macと同期する
 □イベントをiCalおよび.Macと同期する
をチェックすることで可能となります。

最初の同期ではiCal->イベント(Entourage)はデータが同期しません。逆にイベント(Entourage)->iCalのデータは、iCalでEntourageというカレンダーに置かれます。
以後iCal->イベント(Entourage)方向は、Entourageカレンダーに入力したデータのみEntourageと同期されます。
Personal Information Manager
takeshim
モデレータ

takeshim 2008-1-24 11:38:21  [返信] [編集]

PIM (Personal Information Manager) とは、スケジュール管理(予定表、カレンダー)、アドレス帳(住所録、連絡先)、ToDo(仕事リスト)、メモ帳(ノート)等の個人情報を管理するソフトです。システム手帳の電子版といったところでしょうか。MacならiCal、アドレスブック、あるいは統合環境としてEntourageもこれに該当します。
これらに関する話題のスレッドです。
Apple Wireless Mighty Mouse -周辺機器Tips
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-12-10 21:45:00  MAIL  [返信] [編集]

いかにもAppleな感じのBluetooth Wireless マウスのWireless Mighty Mouse ですが、コイツをWindowsで使ってやろうとすると、PINコードを入れてくれって要求してきます、生意気にも。
で、このコードが分からないと永久にWindowsで Wireless Mighty Mouseを使う事はできません。
で、PINコードを知りたいのだけどどうしたものでしょう?Appleに聞くの?

いやいやいや。きっとつまらない答えが返ってくるから止めた方がいいですよ。



答えは上に
周辺機器Tips
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-12-10 21:36:36  [返信] [編集]

周辺機器のちょっといい話、覚えておくといい話を書き込んでいきましょう。
Re: ファイルメーカーが弁当を販売予定
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-12-6 19:30:49  [返信] [編集]

すっかり忘れてたけど、OpenDocのコードネームがBentoだった。斬新だったけど、使い物になる前に消えてしまいました。
Biobar-生物学関連ツール
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-12-6 12:17:37  SITE  [返信] [編集]

FirefoxにEBI,NCBI,DDBJなどの検索ツールバーを追加します。
なかなか便利ですよ。
インストールは以下から、
http://biobar.mozdev.org/installation.html

biobar 1.5.3 for Firefox (1.0-2.0.*) and Flock
をクリックして下さい。

デフォルト等の変更は、ツール/アドオン/Biobarから設定ボタンをクリックすると設定パネルがでます。

ちなみにここのヤツ
https://addons.mozilla.org/ja/firefox/addon/169
をインストールすると、FireFox Version 2.0.0.11では、Firefoxが起動できなくなりました。上の2.0コンパチバージョンをご利用下さい。
EnzymeX -生物学関連ツール
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-12-6 11:28:23  SITE  [返信] [編集]

制限酵素消化する際の支援ソフトです。予め市販の制限酵素の情報が入力されてます。詳細、ダウンロードは、上の[SITE]から。
ファイルメーカーが弁当を販売予定
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-12-6 10:49:41  SITE  [返信] [編集]

これを見た瞬間、”おにぎり”とかいう訳のわからない愛称をつけられちゃた、漢字Talk 7.1を思い出します。まあ、何となく意味が伝わる分だけ、”おにぎり”よりはマシですが。
FMPは、間口は広く奥行きは深く、で大変重宝しておりますが、個人レベルでデータベースを・・・というとまだ敷居が高いのかもしれません。
Mac OS X のアドレスブックやiCalとの直接リンクというのは嬉しい機能ですね。iPod Touchで出先で入力した情報を、MacのアドレスブックやiCalを経由してBentoで活用というわけです。

でも、Mac OS X 10.5 Leopard 専用だなんて・・・

詳細は、上のSITEからどうぞ。無料プレビュー版のDLもできます。
iPapers -生物学関連ツール
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-11-6 9:52:36  SITE  [返信] [編集]

MacOS X用のPubMedに登録されている文献管理用データベースソフト。PDFファイルをDrag & Dropで登録できるお手軽さが売りです。
アップルのサイトに登録されてますが、
http://www.apple.com/jp/medical/software/018.html
このページからのリンクは切れてますので御注意。
上の[SITE]から行って下さい。


追記
Ver. 2.0で開発が止まっていますが、若干不安定との評判が…。
と、思ったら長い沈黙を破って 2.1α2が出ていますね。
http://sourceforge.net/projects/ipapers/files/

なお安定性は2より良いと言われている iPapers 1 は、ここからダウンロードできます。
http://homepage.mac.com/toshihiro_aoyama/iPapers/download.html
4Peaks -生物学関連ツール
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-10-31 14:26:05  [返信] [編集]

4Peaks
ABIのDNAシーケンサ3100系のデータをMacOS Xで表示できます。シーケンサのWindowsマシンから直接ファイルを持ってくるだけで、フォーマットの変換は必要ありません。プラグインで昨日の拡張もできます。
ダウンロードはこちら。
http://mekentosj.com/4peaks/
生物学関連ツール
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-10-31 14:20:21  [返信] [編集]

生物学に関係するツールを紹介するスレッドです。
ちょっと良いツールがあったら、是非ご紹介下さい。
Re: FileMaker API for PHP
hiroyo
モデレータ

名無しさん 2007-6-20 15:23:58  [返信] [編集]

サーバ側がバージョン8以上でないとだめでした T T
キーワードは、拡張アクセス権の「fmphp」
miwaさんありがとうございます。
そしてこの書き込みより10ヶ月経った今もβ版でした。

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