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TechDiv 掲示板
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バイオインフォマティクス解析

数多くのモデル生物の全ゲノム配列が明らかになった今、そのを元に何を発見するか。
サイエンティストのセンスが試されている。
バイオインフォマティックス解析に関する情報を募る

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(1) 2 »

1 EMBOSS
hiroyo
モデレータ

名無しさん 2006-1-24 15:37:42  SITE  [返信] [編集]

EMBOSS インストールしました。
所内からはどなたでも使えます。
http://alt.nibb.ac.jp:8099/cgi-bin/emboss
2 Re: EMBOSS
hiroyo
モデレータ

名無しさん 2006-1-24 15:39:37  [返信] [編集]

本家サイト
http://emboss.sourceforge.net/index.html

日本のユーザグループ
http://jambo.sourceforge.jp

日本語チュートリアル
http://jambo.sourceforge.jp/index.php?Tutorial
3 Re: EMBOSS
takeshim
モデレータ

takeshim 2006-1-24 17:54:41  [返信] [編集]

インストール乙です。
kyamagucさんのブログにあったやつですね。ここはゲストにもオープンですが、そのブログは技術課のみopenなので、外部の方には訳わからないかな。
配列解析の統合的なパッケージEMBOSSを、Webベースの環境でも使えるようにしたのが、EMBOSS explorerってことであってるんでしょうか。
で、今回は基生研内では、WebからEMBOSSが使える様になりましたって事ですね。

しかし、日本のユーザグループのページが結構充実してますねぇ。PukiWikiでやってるんだ。
4 Re: EMBOSS
hiroyo
モデレータ

名無しさん 2006-1-25 16:54:18  [返信] [編集]

合ってます。

はるか昔、 訳の一部にツッコミを入れたような。
もうどこだったかすら覚えてません
5 EMBOSS explore インストールの覚え書き
kyamaguc
投稿師

kyamaguc 2006-1-31 11:19:09  [返信] [編集]

とりあえず自分のケースにおけるEMBOSS explore インストールの覚え書きです。
OSはREDHAT ENTERPRISE LINUX WS ver4

1.EMBOSSをインストールする。
http://emboss.sourceforge.net/download/
からEMBOSS-3.0.0.tar.gz
をとってくる。
解凍後、そのフォルダー内で
./configure
make
make install

2.EMBOSS exploreをインストールする。
http://prdownloads.sourceforge.net/embossgui/
emboss-explorer-2.0.1.tar.gz?download

からとってくる。
解凍後、そのフォルダー内で
perl Makefile.PL
make
make install
./install
で、コマンド方式でインストールを進めるが、すべてデフォルトで問題なし。

3.これで http://localhost/cgi-bin/emboss
からアクセス可能となった(もちろんApacheを起動させておかなくてはいけません)。

その他、EMBOSS exploreのインストール過程で、
Parse-RecDescentがないと出たので、CPANからとってきて、
http://search.cpan.org/~dconway/Parse-RecDescent-1.94/
lib/Parse/RecDescent.pod

解凍後、そのフォルダー内で、
./configure
make
make install

また、X11関連のパッケージやpng等グラフィック関連のlibパッケージで必要なものがある。
ここらへんはLinuxのパッケージがフルインストールなら問題ないだろう。




6 Re: EMBOSS explore インストールの覚え書き
kyamaguc
投稿師

山口勝司 2006-10-31 12:47:59  [返信] [編集]

7/18付けでEMBOSSのバージョンが4.0.0になっています。
ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/
上記にある前バージョンと同様な方法で、インストール可能であることを確認しました。

7 Re: EMBOSS
hiroyo
モデレータ

名無しさん 2007-8-15 14:17:37  [返信] [編集]

2007/07/15 EMBOSS 5.0 リリース
http://emboss.sourceforge.net/index.html
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1 Tandem Repeats Finder
kyamaguc
投稿師

山口勝司 2007-7-30 14:37:23  [返信] [編集]

Tandem Repeats Finderは塩基配列上にある繰り返し配列を検出してくれるツールです。
http://tandem.bu.edu/trf/trf.html
RepeatMaskerがデータベースにある、既存の反復配列との類似性から検出・分類することをメインにしているのに対し、こちらは配列を直接マッチさせることで反復配列を検出しています。
繰り返し配列の長さ・反復数・類似性・塩基出現頻度などが表示されます。ウィンドウズ・MacOSX・Linux等様々なプラットホームに対応しています。コマンドライン・GUIどちらにも対応しますが、得られる結果はいずれもhtml形式になるので、そこから目的の情報を取り出すにはperlなどのスクリプトを書く必要があります。解析は非常に高速で、使う上での難しい点はなさそうです。

アルゴリズムは以下の論文に記述されています。
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acids Research (1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.
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1 fasta2
kyamaguc
投稿師

山口勝司 2006-1-6 13:58:52  [返信] [編集]

fasta2は類似性検索プログラムfastaやssearchの入ったツールパッケージです。
その他ローカルアライメントとグローバルアライメントのどちらもおこなうことができます。
Unix,linux,macOSXにインストールすることができます。

wget ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/fasta2.shar.Z
でファイルをゲットする。
これをあらかじめ適当な名前を付けたホルダーに入れておく。

>zcat fasta2.shar.Z | sh
#適当な解凍コマンドで解凍する。

Makefileの13行目の
>BIN = /seqprg/slib/bin
を、できたファイルを置いておきたい場所
例えば、
>BIN = /usr/local/bin
に書き換える。

そして、
>make|& tee make.log
#makeして

>su
#管理権限で

>make install|&tee makeinstall.log
#インストール

make errorが出る場合は、
Makefileの7行目
#CC=cc -g
の#を取ってみる。

これで完了。
fasta
tfasta
fastx
tfastx
prdf
lfasta
plfasta
flalign
relate
grease
tgrease
psgrease
bestscor
lalign
plalign
ssearch
prss
align
align0
garnier
fromgb
randseq
crandseq
zs_exp
aacomp
revcomp
以上のコマンドツールが使用可能になります。



2 fasta2
kyamaguc
投稿師

山口勝司 2007-6-20 10:00:23  [返信] [編集]

現在、上記のように行なっても、
lalign
plalign
align
align0
psgrease
chofas
garnier
しか使えませんね。
バージョンが変わったようです。
plfastaを使いたいのだが、どうすればよいか調査中。
3 fasta2のplfasta
kyamaguc
投稿師

山口勝司 2007-6-20 16:53:04  [返信] [編集]

別のfasta3パッケージとの関連で、fasta関連のプログラムはfasta3のものを推奨のようで、デフォルトではインストールされないようになっているようです。
バージョンが変わったというわけではないですが、Makefileが変わっているようです。
Makefileを見ると
#programs still used for WWW
WPROGS = lalign plalign align align0 psgrease chofas garnier
# better versions of these programs come from fasta34
FAPROGS = fasta tfasta fastx tfastx prdf prss zs_exp ssearch
PROGS= lfasta plfasta flalign relate grease tgrease psgrease bestscor lalign plalign align align0 garnier fromgb randseq crandseq aacomp revcomp
とあります。
しかしplfastaはfasta3パッケージには含まれていないので、今回はMakefileを以下のように書き変えインストールしました。
all : $(WPROGS)の所を、
all : $(PROGS)にし、
install : cp $(WPROGS) $(BIN)の所を、
install : cp $(PROGS) $(BIN)にする。
その後、make,make installでインストール出来ました。

自分のケースではfromgbのコンパイルの所で引数エラーが出てしまいます。このプログラムは使わないので、とりあえず考えずに消すことでクリアしました。


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1 RepeatMasker
kyamaguc
投稿師

山口勝司 2006-3-24 17:24:42  [返信] [編集]

RepeatMaskerはゲノムの反復配列などを検出するツールです。
SINE、LINEやトランスポゾン配列、反復配列などを区別して検出することができる、なかなかなツールです。
原理はRepeatmasker用のライブラリーに存在する、各生物種別の反復配列データベースに対して、類似性検索するのを基本とするようです。

類似性検索ツールとして、
CrossMatch(Phrap packageの1つ)
http://www.phrap.org/
WU-BLAST
http://blast.wustl.edu/
DeCypher
http://www.timelogic.com/decypher_intro.html
のどれかを選択して使用することができます。
UNIX系のOs(Linux、MacOSX)にインストール可能です。

自分の例におけるインストール法の覚え書きを掲載いたします。

1.Institute for systems biologyから
http://www.repeatmasker.org/
RepeatMaskerを取ってくる。
http://www.repeatmasker.org/RMDownload.html
http://www.repeatmasker.org/RepeatMasker-open-3-1-5.tar.gz
(2006.3.24現在の最新版)

2.Giriのサイトから
http://www.girinst.org/server/RepBase/index.php
Repeatmasker用のライブラリーを取ってくる。
http://www.girinst.org/server/RepBase/repeatmaskerlibraries/
repeatmaskerlibraries-20060314.tar.gz

レジストレーションが必要(アカデミックフリー)

3.同一のフォルダー下に解凍する。

4.類似性検索ツールをインストールしておく。
ここではWU-BLASTを使用。レジストレーション(アカデミックフリー)が必要。
http://blast.wustl.edu/licensing/academic.html
メールで指示された場所から自分のOSのblast2ファイルを取ってくる。

5.適当なフォルダー下に解凍する。

6.RepeatMaskerのPerlスクリプトのあるフォルダーにて
perl ./configure
いくつかの質問があるがほとんどデフォルトで良いが、類似性検索ツールの指定と場所を設定する。

これで使用できる。
>perl RepeatMasker fasta_format_file
たくさんのオプションがあり、その設計により結果が異なる。
例えば -species で種を設定
詳しくは
http://www.repeatmasker.org/
を参考にする。

WEBインターフェース版はこちらから使用可能です(ただし遅いようだ)。
http://www.repeatmasker.org/cgi-bin/WEBRepeatMasker
2 Re: RepeatMasker
takeshim
モデレータ

takeshim 2006-3-24 17:32:57  [返信] [編集]

有用な情報ありがとうございます。
ウーン、URLが長いと折り返さないので、レイアウトが崩れちゃいますね。
3 Re: RepeatMasker
kyamaguc
投稿師

山口勝司 2007-4-11 11:26:34  [返信] [編集]

4月4日付けでRepBase自体はver.12.03になっているようです。
repeatmaskerライブラリーフォーマット版はまだ対応してないようですが、まもなく出るのではないでしょうか。
http://www.girinst.org/server/RepBase/

RepeatMaskerも3.1.6にバージョンアップしていました(06.10.6)。
http://www.repeatmasker.org/RMDownload.html
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1 InterProScanバージョンアップ
kyamaguc
投稿師

山口勝司 2005-12-15 19:16:46  [返信] [編集]

ドメインモチーフサーチプログラムInterProScanがバージョンアップしました。
InterProScanはタンパク質の配列から複数のドメイン・モチーフデータベースをサーチし、
その結果をhtmlとかxmlとか様々な形式でアウトプットしてくれ、さらにgene ontologyのアノテーションまでつけてくれるという、すばらしいツールです。
最新版はVer4.2で、
PROSITE pattherns
PROSITE profiles
PRINTS
PFAM
PRODOM
SMART
TIGRFAMs
PIR SuperFamily
SUPERFAMILY
GENE3D
PANTHER
coiled-coil
SignalP v3
TMHMM v2
が使用可能です。

Linux、MacOsXを含むUNIXマシンにインストールできます。
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/RELEASE/latest/
からベースプログラムを、
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/BIN/4.x/
からそれぞれの機種に対応したバイナリー(例えばMacOsXはDarwinと書いてある)を、
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/DATA/
からデータベース(最新はVer12.0)をダウンロードして同一フォルダーに解凍します。
使用するためにはperlがインストールされている必要があります。
詳しくは解凍後のInstalling_InterProScan.txtやREADME.txtを読んで下さい。
気が向けば後日、インストールの方法でひっかかりそうなところを書きたいと思います。
WEB版は以下のサイトにあります。
http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/
しかし、機能的にはダウンロード版の方が格段に上です。まあ、100%の機能を使えるようにするのは難しいと思いますが、pfamドメインサーチだけするとかならさほど難しくありません。

是非ダウンロード版をお試し下さい。
2 Re: InterProScanバージョンアップ
kyamaguc
投稿師

山口勝司 2006-9-19 17:34:16  [返信] [編集]

2006.8.14付けでデータベースが新バージョンの13.0になっています。
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/DATA/
また本体の方も近いうちにVer4.3になるようなことが書かれています。
XMLまわりが改良されるとのこと。大きな変更ではなさげです。
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/DATA/README
3 Re: InterProScanバージョンアップ
kyamaguc
投稿師

山口勝司 2006-10-31 12:51:48  [返信] [編集]

10/19付けで4.3にバージョンアップされました。
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/index.html

4.4へのバージョンアップ計画も提言されています。
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/ReleaseNotes.txt
4 Re: InterProScanバージョンアップ
takeshim
モデレータ

takeshim 2007-3-27 17:30:35  [返信] [編集]

結構「InterProScan」で検索してくる人が多いと思ったら、Googleの
日本語ページで検索した場合、ココがTopで表示されるんだねぇ。
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